La colaboración es un valor central importante del Centro Nehemías. Una de las formas en que se ejemplifica la colaboración es a través de asociaciones con otras organizaciones de ideas afines. A lo largo de los años, Centro Nehemías ha colaborado con muchas organizaciones que han ayudado a avanzar en nuestra misión. Estos socios internacionales apoyan el trabajo del Centro Nehemías y son fuentes importantes de finanzas, personal, ideas, materiales de enseñanza y estrategias. Todos trabajan juntos para fomentar un espíritu de transformación en la vida del pueblo de Nicaragua. Actualmente, las siguientes organizaciones continúan asociándose con el trabajo del Centro Nehemías.